Universidade de Oxford e Oracle fazem parceria para acelerar identificação das variantes da COVID-19
A emergência de novas variantes mais infeciosas do vírus COVID-19 ameaçam atrasar a recuperação da atual crise em todo mundo e lança novas dúvidas sobre o nível de imunidade oferecido pelas vacinas que estão disponíveis até à data. Para ajudar os governos e as comunidades médicas a identificarem e agirem mais rapidamente sobre as novas variantes, a Universidade de Oxford e a Oracle criaram um Sistema de Análise Global de Patógenos (GPAS) que conjuga a Scalable Pathogen Pipeline Platform (SP3) da Universidade com o poder da Oracle Cloud Infrastructure (OCI), anunciaram.
Esta iniciativa foi desenvolvida a partir do trabalho de um consórcio financiado pelo Wellcome Trust, que inclui a Public Health Wales, a Universidade de Cardiff e a Public Health England.
“Esta nova poderosa ferramenta oferece aos cientistas dos centros de investigação, às agências de saúde pública, aos serviços de saúde e às empresas de diagnóstico clínico os recursos necessários para que, em conjunto, ajudem a compreender melhor as doenças infeciosas, a começar pelo coronavírus, em todo o mundo” afirma Derrick Crook, professor de Microbiologia no Departamento de Medicina Nuffield da Universidade de Oxford.
“O Global Pathogen Analysis System contribuirá para criar um standard comum a nível internacional, de modo a permitir reunir informação/dados e a analisar o novo vírus, bem como outras ameaças microbianas que poderão afetar a saúde pública. Isto adiciona uma nova dimensão à nossa capacidade de processarmos dados patogénicos. Estamos muito entusiasmados com a parceria com a Oracle que nos permitirá aprofundar a nossa investigação através desta plataforma baseada em tecnologias de ponta”, continuou o professor.
Usado pela primeira vez para a tuberculose, o SP3 foi reaproveitado para unificar, padronizar, analisar e comparar os dados sequenciais do SARS-CoV-2, de modo a produzir as sequências genómicas anotadas e a proceder à identificação de novas variantes, sobretudo as mais preocupantes. As capacidades de processamento do SP3 foram aperfeiçoadas com um amplo trabalho de desenvolvimento da Oracle, disponibilizando elevados níveis de desempenho e segurança, além da disponibilidade 7×24 do sistema SP3 na Oracle Cloud à escala mundial. Os resultados poderão ser partilhados num ambiente seguro pelos vários países em todo o mundo.
“A possibilidade de analisarmos sistematicamente as variantes genéticas de um vasto conjunto de agentes patogénicos terá enormes impactos/benefícios na saúde pública a nível global. Tendo a Oracle como parceiro neste programa, aproxima-nos ainda mais deste objetivo,” declara Sir John Bell, Regius Professor of Medicine da Universidade de Oxford.
“Em conjunto com o vasto leque de recursos de Machine Learning da Oracle cloud, cientistas, investigadores e governos em colaboração em todo o mundo podem processar, analisar, visualizar e atuar numa ampla recolha de dados patogénicos da COVID-19 pela primeira vez. As funcionalidades incluem a identificação das variantes mais preocupantes e do seu potencial impacto na eficácia das vacinas e dos tratamentos. Por exemplo, os painéis de análise integrados no sistema mostrarão quais as estirpes específicas que se estão a espalhar mais rapidamente, quais as características genéticas que contribuem para o aumento da transmissibilidade e para diminuir a eficácia das vacinas. A Universidade de Oxford já processou metade das sequências do SARS-CoV-2 do mundo, mais de 500 mil no total”, explicam em comunicado.
“É crítico que haja cooperação a nível global na sequenciação dos genomas e na investigação da COVID-19 e de outros agentes patogénicos,” afirma Larry Ellison, Chairman e CTO da Oracle. “O sistema SP3 melhorado estabelece um padrão global para a recolha e análise de dados patogénicos, permitindo assim que os investigadores médicos possam compreender melhor não só o vírus da COVID-19, bem como outras ameaças microbianas para a saúde pública”.
O próximo passo será alargar este serviço a todos os agentes patogénicos, através da colaboração com os cientistas dos centros de investigação, com as agências de saúde pública e com as empresas privadas, de modo a garantir que este trabalho possa disponibilizar a informação necessária para que sejam tomadas as melhores decisões no que concerne à escolha das estratégias mais eficazes e corretas para enfrentar a pandemia em todo o mundo.
A utilização da plataforma será gratuita para os investigadores e para as organizações sem fins lucrativos que se dedicam a estas matérias em todo o mundo.
